L'innovation étant au cœur de la politique économique, le gouvernement propose de nouvelles missions de la médiation inter-entreprises en faveur des  PME innovantes. L'une de ces missions concerne directement les bénéficiaires du crédit d'impôt recherche (CIR) et du crédit d'impôt innovation (CII). La médiation a pour nouvel objectif de jouer le rôle d'intervenant neutre entre les entreprises et l'administration en cas de litiges.

CIR / CII : le contrôle fiscal et après ?
Dans le cadre d'un contrôle fiscal, l'entreprise doit remettre tous les éléments scientifiques et financiers demandés par l'administration fiscale. C'est ensuite que l'administration rendra ses conclusions en s'appuyant souvent sur l'expertise scientifique menée par le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Si le contrôle donne lieu à une remise en cause partielle ou totale du CIR initialement déclaré, l'entreprise peut alors demander à apporter des compléments d'informations et solliciter un recours hiérarchique.
À présent, la médiation inter-entreprises peut intervenir en cas de contrôle fiscal sur le CIR, quand l'administration juge les éléments transmis insuffisants pour prouver l'éligibilité des travaux déclarés ou quand l'entreprise et l'administration rencontrent des difficultés à dialoguer.
L'entreprise peut alors saisir le médiateur général en complétant le formulaire dédié et en lui transmettant tous les justificatifs qui lui semblent pertinents afin de défendre sa position, par exemple sur l'éligibilité des travaux de R&D remis en cause (dossiers déposés, rapports d'expertise, réponses de l'administration, historique du litige, montant du CIR contesté,..). Le médiateur général transmet ensuite la demande au médiateur régional dont dépend  l'entreprise. Une rencontre peut être ensuite organisée entre les parties afin de résoudre le litige et une nouvelle expertise du dossier par un autre agent de l'administration peut également être demandée.
Si aucun accord n'a été trouvé entre les parties, l'entreprise peut alors saisir le tribunal administratif qui statuera alors sur le litige. Il est important de souligner que la saisine de la médiation inter-entreprises ne suspend pas les procédures de mise en recouvrement et de phase contentieuse. Il est primordial de suivre le cours normal de la procédure juridique (réclamation puis saisine du tribunal administratif) en parallèle des démarches entreprises avec la médiation inter-entreprises. v. b.

Source : Sogedev